2027年，人类对「星骸矿」的过度开采撕开生态裂缝，工业废料与暗之粒子融合成污染怪兽，TPC秘密部门ABYSS更在幕后操纵，企图用黑暗力量改写文明走向。植物学家真中苍因父亲失踪之谜卷入漩涡，意外觉醒光脉感知，与三千万年前的迪迦光核共鸣，化身迪迦·星骸形态。